Como la versión 10.6.8 es compatible con ambos Mac Pros, la respuesta sencilla es sí Si no lo haces, puedes transferir tus discos al nuevo Mac Pro y tu instalación funcionará como antes.
Suponiendo que no hagas una tontería como aceptar la actualización gratuita a Yosemite (que es compatible con el Mac Pro 3,1) podrás mover el disco de nuevo a la máquina más antigua si lo necesitas. Mientras te quedes con la 10.6.8 no hay actualizaciones que rompan la capacidad de tu disco de arranque de la 10.6.8 para arrancar el Mac más antiguo.
Dicho esto, si el nuevo Mac Pro tiene una especificación razonablemente más alta -y quieres las nuevas características del servidor, como Profile Manager- puedes pensar en realizar una instalación limpia de 10.10 (así como comprar la última iteración de OS X Server), y luego migrar los datos desde la máquina más antigua. El único coste es la compra de OS X Server, y eso no va a suponer precisamente un gran desembolso.