Sí, si particionaste en Mac OS Extendido deberías poder hacerlo. Abre Utilidad de Discos (Aplicaciones > Utilidades) y selecciona tu disco de la lista de la izquierda. Deberías ver tu disco duro y las dos particiones debajo de él.
Selecciona el disco duro, ve a la pestaña de Partición y deberías ver una caja dividida en dos representando tu disco. Para redimensionar las particiones, arrastra una de ellas para hacerla más pequeña y la otra más grande, o selecciónalas y cambia el valor de "Tamaño" en la casilla de texto por sus respectivos nuevos tamaños.
Cuando termines, haz clic en "Aplicar". De nuevo, esto solo es posible para particiones formateadas como Mac OS Extendido. El formato debería ser visible en la Información del Volumen, justo arriba del tamaño. No se puede cambiar a menos que reformatees (y pierdas todos tus datos), por lo que tendrías que hacer una copia de seguridad y "borrar" esa partición si está en formato FAT32.
Time Machine, estoy bastante seguro, solo funciona con Mac OS Extendido, por lo que no debería haber ningún problema con esa partición. Si no trabajas con una máquina Windows, entonces realmente no hay motivo por el que la otra partición deba estar en formato FAT32 (FAT se utiliza para la compatibilidad con Windows), por lo que realmente no deberías tener problemas ;)
Si necesitas ayuda adicional, ¡no dudes en comentar!
Espero que te haya ayudado. Kevin