Desafortunadamente, debido a la forma en que las aplicaciones están en el sandbox de iOS, la transferencia de archivos entre ellas no es realmente posible, a menos que los desarrolladores del programa hayan incluido alguna de esas funcionalidades. En efecto, cada aplicación tiene su propia carpeta en el iPad, y ninguna otra aplicación puede acceder a los archivos que contiene. Parece una tontería, pero es una parte importante de la seguridad en iOS.
Si quieres reproducir medios desde un servidor FTP, lo más probable es que tengas que hacerlo con una aplicación de reproducción que soporte FTP (parece que viPlay podría, aunque no sé si es sólo la versión de pago, o también la versión Lite).
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