Growly Notes es totalmente gratuito (y muy parecido a la apariencia de OneNote) http://www.growlybird.com/GrowlyBird/Notes.html
Sin embargo, nada es tan bueno como OneNote (si eso es lo que te gusta). Puedes instalar OneNote 2007 en OSX usando crossover (básicamente 'wine'). Esto no funciona con OneNote 2010, solo con 2007. Inicia rápidamente y funciona perfectamente. El único problema que veo es que si haces hot linking, OneNote se bloquea. Si intentas instalarlo, busca la configuración personalizada de OneNote 2007 en crossover, si durante la instalación se queja de fuentes, etc., simplemente continúa con la instalación y omite cualquier problema. OneNote 2007 funcionará bien en OSX 10.6
http://www.codeweavers.com/products/impersonator/
Si buscas algo un poco diferente, pero igual de adictivo que OneNote, recomendaría probar un programa llamado Scrivener. Es uno de los pocos programas que he encontrado perfecto para escribir y organizar mis pensamientos.
http://www.literatureandlatte.com/scrivener.php
Mencionaste freemind (mapas mentales), yo recomendaría totalmente un programa llamado Vue, también es gratuito, muy elegante y no tan lineal como freemind, además te permite agregar notas, palabras clave, capas, etc., para organizar tus datos.
http://vue.tufts.edu/
He usado todas las otras aplicaciones sugeridas (evernote, yojimbo, etc.) Me gustan y las uso. Pero espero haber destacado algunas aplicaciones muy útiles y agradables que la mayoría de la gente no conoce.