¿Cómo limpiar los paquetes instalados de pip en MacOSX?

Intento eliminar todos los paquetes instalados de pip en MacOSX. Lo hago para asegurarme de usar pip homebrew a partir de ahora (para evitar problemas con SIP).

Siguiendo el bucle zsh se eliminan la mayoría de ellos, pero algunos se resisten.

for i ($(pip freeze )) {pip uninstall -y $i}

Por ejemplo matlibplot no ha sido eliminado. Cuando intento ejecutar la desinstalación encuentra matplotlib, imprime las rutas relacionadas, pero falla.

pip uninstall matplotlib
Uninstalling matplotlib-1.3.1:
 /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib
 /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib-1.3.1-py2.7.egg-info
 /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pylab.py
 /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pylab.pyc
Proceed (y/n)?

Tengo el siguiente mensaje de error muy largo. Parece que los archivos no pueden ser eliminados. Ejemplo de error:

error: [('/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib/__init__.py', '/tmp/pip-PK6UUB-uninstall/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib/__init__.py', "[Errno 1] Operation not permitted: '/tmp/pip-PK6UUB-uninstall/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib/__init__.py'"),

¿Qué debo hacer?

Para que quede claro, los comandos se ejecutan desde la cuenta Root. Pip puede encontrar los metadatos del paquete:

pip show matplotlib
---
Metadata-Version: 1.1
Name: matplotlib
Version: 1.3.1
Summary: Python plotting package
Home-page: http://matplotlib.org 
Author: John D. Hunter, Michael Droettboom
Author-email: mdroe@stsci.edu
License: BSD
Location: /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python
Requires: numpy, python-dateutil, tornado, pyparsing, nose
Classifiers:
  Development Status :: 5 - Production/Stable
  Intended Audience :: Science/Research
  License :: OSI Approved :: Python Software Foundation License
  Programming Language :: Python
  Programming Language :: Python :: 2
  Programming Language :: Python :: 3
  Topic :: Scientific/Engineering :: Visualization