Apple Pay es una tecnología muy diferente a algo como Square, que funcionaría de forma similar a como describes. Te registras como comerciante en Square y lo vinculas a tu cuenta bancaria.
En esta situación, Square es el punto de venta, el adquirente y la cuenta comercial, todo en uno. Y, de hecho, admiten el uso de Apple Pay en el terminal de pago.
En una situación comercial más tradicional, usted tiene un banco comercial, que le pondrá en una plataforma de procesador específica, según las necesidades de su pasarela de pago y punto de venta. Como comerciante, no tienes ninguna interacción con Apple en absoluto; si quieres aceptar Apple Pay, solo tienes que asegurarte de que tu punto de venta es capaz de aceptar pagos NFC, y que todo esto es compatible con tu pasarela y plataforma. Sin embargo, lo normal es que solo interactúes con tu banco comercial, que podrá facilitar la configuración de un TPV compatible con Apple Pay.
Esto significa que, por lo general, todos los fondos se depositarán en la cuenta comercial vinculada a ese punto de venta. Probablemente podría hacer que su banco comercial estableciera los depósitos en sus cuentas corrientes comerciales en porcentajes como usted sugiere, pero normalmente hay una relación 1:1 entre el punto de venta o la pasarela de pago y su cuenta comercial.