OS X guarda la configuración única del fondo de pantalla por dispositivo (por monitor). La configuración del fondo de pantalla que haces cuando usas sólo tu portátil, frente a la configuración del fondo de pantalla cuando ejecutas el portátil en "modo Clamshell", frente a la configuración del fondo de pantalla cuando ejecutas con la tapa abierta y el monitor externo conectado, todos tienen diferentes configuraciones de fondo de pantalla.
La solución a este problema es sencillamente hacer funcionar el ordenador en modo de doble monitor como has indicado, y configurar los ajustes del fondo de pantalla. Ahora esos ajustes específicos se recordarán cuando se ejecute la misma configuración de monitor externo y de pantalla incorporada del portátil. Los cambios en este modo multimonitor no afectarán a las otras configuraciones de monitor.