Mi respuesta anterior era incorrecta. iOS 4 sí incorpora el cifrado a nivel de sistema de archivos, ¡impresionante!
La respuesta a su pregunta está aquí:
Es importante entender que GoodReader en sí mismo no encripta o descifra sus archivos. Hace dos cosas - restringe el acceso a archivos protegidos a través de la propia interfaz de usuario de GoodReader, y pide a iOS que que cifre ciertos archivos (o todos ellos, si se utiliza la contraseña de inicio de la aplicación). iOS, a su vez, bloquea estos archivos en unos pocos segundos después de bloquear el dispositivo con un código de acceso, y los desbloquea instantáneamente cuando se desbloquea el dispositivo con un código de acceso. Esto significa que cuando desbloquea su dispositivo con un código de acceso, todos sus archivos se descifran y totalmente accesibles, incluso si la aplicación GoodReader no se está ejecutando en el momento, y no hayas introducido ninguna de las contraseñas de GoodReader todavía. Por lo tanto, si su dispositivo está desbloqueado, GoodReader impedirá el acceso a archivos protegidos a través de su propia interfaz de usuario, pero nada impide copiar estos archivos a través de, por ejemplo, la sección de Compartir Archivos de iTunes (transferencia USB), sin conocer las contraseñas de GoodReader. Así que por favor, asegúrese Asegúrese de bloquear SIEMPRE su dispositivo con un código de acceso, incluso si lo deja sólo un minuto. Esto activará la protección física basada en el hardware física. Y aunque la opción de bloqueo automático en los ajustes principales del dispositivo puede puede ser de gran ayuda con esto, nunca está de más bloquear manualmente su dispositivo cada vez que lo dejes.
De:
http://www.goodiware.com/gr-man-general.html#dataprot
Dicho de forma concisa, mientras el iPad está desbloqueado todos los datos están sin encriptar, por lo que, en principio, los hackers podrían acceder a tus archivos durante este tiempo.
