¿Cómo se activan los marcadores y el texto de enlace en iBooks Author?

No es posible, esperemos que Apple haga funcional la aplicación en el futuro. Sólo se puede hacer un hipervínculo a los marcadores dentro de un proyecto y no se puede marcar una página.

Según documentación :

• Seleccione el texto que desea convertir en hipervínculo.
• Si el inspector de enlaces no está abierto, haga clic en Inspector en la barra de herramientas y pulse el botón Inspector de enlaces.
• En el inspector de enlaces, haga clic en Hipervínculo.
• Seleccione "Habilitar como hipervínculo".