Como dice el título el micrófono solo funciona en Mac OS cuando se usa Siri en cualquier otra aplicación solo se silencia, 
el nivel de entrada en la configuración del sistema es siempre 0 como se muestra en la imagen a menos que esté usando Siri. El micrófono funciona perfectamente en Windows 10 a través de bootcamp lo que me hace pensar que no es un problema de hardware.
Estoy en mac OS Sierra 10.12.3, traté de restablecer el SMC no hizo ninguna diferencia.
Hace poco tuve el mismo problema y encontré una solución aparentemente estúpida.
Ve a las preferencias del sistema, teclado, y accede al dictado y prueba a utilizarlo en cualquier documento. La opción por defecto para usar el dictado en mi mac era tocar dos veces el botón Fn. Extrañamente mi función de dictado funcionaba y escribía lo que yo decía en la pantalla como lo hacía Siri. Entonces, vuelve a tus dispositivos de entrada y comprueba si eso ha solucionado "permanentemente" tu problema de entrada; el micrófono debería funcionar ahora también sin que el dictado esté activo.
Creo que el sistema está bloqueando la entrada de otras aplicaciones mientras el dictado está en curso y de alguna manera se activa siempre (incluso cuando el dictado no se está utilizando). Esta podría ser la razón detrás de la solución. En mi caso, simplemente desactivé el dictado y el micrófono empezó a funcionar bien.
He limpiado los pequeños agujeros del micrófono con un alfiler y ha funcionado, por este mensaje en ASC .
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Supongo que podrías empezar a solucionar el problema creando una cuenta de usuario nueva para determinar si se trata de un problema a nivel de usuario o de sistema, si no lo has hecho ya.
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He intentado con una cuenta de usuario fresco sigue siendo el mismo problema
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¿Puedes nombrar alguna de las otras aplicaciones con las que probaste el micrófono?
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@AndrewMagdy Yo empezaría por pensar si tengo instaladas aplicaciones relacionadas con el audio. ¿Ha instalado algún plugin de audio u otras aplicaciones que dependan específicamente de CoreAudio o ha necesitado cambiar la entrada de micro por algún motivo? Además, puede que quiera comprobar la configuración en /Applications/Utilities/Audio MIDI Setup.