En teoría, no debería importar, cuando instalas OS X El Capitán, puedes seleccionar la partición en la que quieres que se instale el sistema operativo, que sorprendentemente, puedes incluso seleccionar un USB. Si te preocupa mucho interferir con otro disco, entonces haz un USB de arranque. Siga las instrucciones del sitio web oficial de Apple. https://support.apple.com/en-us/HT201372 También hay muchos vídeos en Youtube sobre cómo hacerlo.
Después de terminar de hacer el USB de arranque. Apaga tu ordenador. Conecte el USB en uno de los puertos USB, inicie su ordenador mientras mantiene pulsada la tecla opción, y le mostrará una lista de discos de arranque. Selecciona el disco "Instalar El Capitán" (o un nombre parecido), que también debería aparecer como un icono del USB en lugar de un icono del disco duro, y te llevará a la instalación. Asegúrate de seleccionar el disco duro del Macintosh HD como el disco en el que quieres instalar OS X El Capitan, y no debería interferir con tu sistema Linux. Al menos no interfirió con mi sistema Windows.