No estoy seguro de entender del todo tu pregunta, pero si estás buscando una forma de eliminar todas las cookies de Safari a través del terminal, sin que se vuelvan a generar la próxima vez que inicies Safari: prueba el shell script publicado más abajo. (He copiado esta respuesta de mi post original aquí: https://apple.stackexchange.com/a/273442/201104 .)
He probado esto en MacOS 10.12.3 y Safari 10.0.3 y funciona.
Advertencia : Las pruebas que hice no fueron tan minuciosas, es decir: algunos de los archivos eliminados por este script podrían no ser realmente necesarios para lograr la eliminación de las cookies, deberías hacer pruebas y errores para reducirlo si quieres. Personalmente uso el script 'tal cual', pero en tu situación personal eso podría significar que perderás algunos datos que realmente querías conservar.
Copie esto en un simple shell script y ejecútelo (asegúrese de copiar también el comando 'killall'):
rm -rf ~/Library/Safari/History*
rm -rf ~/Library/Safari/Auto*
rm -rf ~/Library/Safari/LocalStorage
rm -rf ~/Library/Safari/Downloads.*
rm -rf ~/Library/Safari/Databases
rm -rf ~/Library/Safari/SearchDescriptions.plist
rm -rf ~/Library/Safari/WebFeedSources.plist
rm -rf ~/Library/Safari/Last*
rm -rf ~/Library/Safari/Recently*
rm -rf ~/Library/WebKit/com.apple.Safari
rm -rf /Library/Cookies
rm -rf ~/Library/Cookies
rm -rf ~/Library/Caches
rm -rf /Library/Caches
rm -rf ~/Library/Application Support/Oracle/Java/Deployment/cache
rm -rf ~/Library/Preferences/Macromedia/*
rm -rf ~/Library/Containers/com.apple.Safari.*
rm -rf ~/Library/Application Support/com.apple.sharedfilelist/*
rm -rf ~/Library/Preferences/com.apple.coreservices.useractivityd.dynamicuseractivites
rm -rf ~/Library/Preferences/*SpotlightNetHelper*
rm -rf ~/.oracle_jre_usage
rm -rf ~/Library/Preferences/com.apple.sharekit.recents.plist
rm -rf ~/Library/Saved*
killall -KILL nsurlstoraged
