¿Cómo puedo listar mis programas en mi carpeta de aplicaciones de usuario?

Parece que has duplicado tus solicitudes. Para asegurarte, puedes hacer una búsqueda en Spotlight de una de tus aplicaciones y ver si aparece dos veces.

Sus aplicaciones "originales" están bajo /Applications/ .
Puedes encontrarlo abriendo el Finder, + + G , entrando en /Applications en el cuadro de texto, y validando. Es una carpeta en root de tu disco duro que Apple puso ahí para guardar todas las aplicaciones de todos los usuarios.

Una vez que hayas comprobado que están en el doble, puedes eliminar los que están en tu carpeta de usuario.

Tu idea de poner toda tu aplicación bajo tu cuenta de usuario no es buena. A algunas aplicaciones, sobre todo las integradas, no les gusta que las muevan, y como ya tienen ese lugar especial para ellas, ¿qué sentido tiene?

Pero , puedes hacerlo para tus propias aplicaciones, como Firefox, Adium, etc.
Esas aplicaciones pueden pasar de /Applications/ a la carpeta de Aplicaciones en su cuenta de usuario.

Última pregunta, ¿por qué quiere su aplicación listado en la carpeta de aplicaciones del usuario?

Yo realmente quieres hacer eso, supongo que puedes hacer un alias.

Entra en /Applications/ seleccione todas las aplicaciones, mantenga pulsado + mientras se trasladan a la nueva ubicación.
Hay una flechita debajo que te dirá que sólo serán alias: