¿Qué debo hacer con las preferencias, etc., después de eliminar una aplicación?

Sólo tienes que borrar los archivos de las antiguas aplicaciones. Nunca he tenido problemas. Nota: si vuelves a instalar las aplicaciones, éstas no conservarán ningún dato de la antigua instalación.

Yo uso Limpiador de aplicaciones de la Mac App Store, y la interfaz de usuario es genial. He utilizado otra aplicación con un nombre similar, AppCleaner pero me gusta más el de la App Store. La versión Pro de Limpiador de aplicaciones cuesta 3,99 dólares, creo, y es una compra dentro de la aplicación.

No hay nada malo en dejar esos archivos de preferencias extraños en su lugar, ya que suelen ser bastante pequeños. Digamos que instalas Airmail, lo pruebas y luego decides que no quieres usarlo. Puedes mover la aplicación a la papelera y eliminarla. Si dejas los archivos de preferencias en su sitio, puedes volver a descargarla en el futuro y tus preferencias (deberían) seguir en su sitio.

Mi preferencia personal es utilizar App Cleaner y eliminar todos los archivos relacionados cuando elimino una aplicación.