Usando Apple Compressor, es automático, dependiendo de tu equipo y configuraciones.
La aceleración de hardware se activa automáticamente dentro de Compressor. Si tu sistema tiene el conjunto correcto de chips y seleccionas la configuración de compresión adecuada, la codificación por hardware se pone en marcha.
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La codificación por hardware está disponible en todos los Macs actuales que utilizan un procesador i5 o i7, Sandy Bridge o Ivy Bridge; excepto el nuevo Mac Pro.
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La codificación por hardware se aplica a la compresión de QuickTime y MPEG-4 que utiliza el codec H.264; pero no a la compresión de discos Blu-ray.
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No se puede utilizar la codificación por hardware para la codificación de paso múltiple. De hecho, activar la codificación de paso múltiple desactiva la codificación por hardware.
Fuente y para más análisis: Compressor 4.1: Aceleración de Hardware