He metido la pata borrando manualmente la copia de seguridad de TimeMachine

Nunca elimine manualmente los archivos o directorios de Time Machine desde el Finder. Time Machine hace un uso intensivo de la vinculación de directorios, que el Finder no maneja correctamente. Lo más probable es que tu copia de seguridad esté dañada, por lo que la opción más segura es borrar el disco de copia de seguridad y hacer una nueva.

He eliminado manualmente todas las copias de seguridad arrastrando el contenido de mi disco duro externo de copia de seguridad a la papelera

Sí. Gran error.

Como tu intención parece ser borrar las copias de seguridad, ve a la Utilidad de Discos y simplemente formatea la unidad de Time Machine. Tarda 20 segundos.

Puedes ignorar la basura, desaparecerá después del reformateo.

La respuesta implica el comando bypass . Si realmente quieres borrar archivos y/o carpetas (directorios) de Time Machine (o cualquier otra cosa), esto lo hará.

En mi caso, necesitaba eliminar los archivos de Time Machine de un disco externo que contenía otros archivos. No podía simplemente reformatear la partición.

El comando bypass se oculta relativamente en OS X. En Yosemite, la ruta completa a bypass se muestra a continuación.

/System/Library/Extensions/TMSafetyNet.kext/Contents/Helpers/bypass

Dado que se trata de una ruta bastante larga, sugiero que al abrir por primera vez una ventana de la aplicación Terminal, introduzca el comando que se muestra a continuación para crear un alias.

alias bypass=/System/Library/Extensions/TMSafetyNet.kext/Contents/Helpers/bypass

Ahora bien, si realmente quieres demostrarle a tu ordenador quién manda, introduce el comando remove de la siguiente manera.

bypass sudo rm -rf name

Aquí, name puede ser un archivo o un directorio. Tenga en cuenta que esto no pone nada en la Papelera. El archivo o directorio se elimina permanentemente. Si se utiliza en un directorio, la acción es recursiva.