No sé si sigues teniendo este problema, pero a mí también me confundió.
He estado usando Sparrow durante Mavericks. Después de actualizar a Yosemite decido darle una oportunidad al mail.app nativo.
Se ve bien, pero yo estaba confundido que parece cuando se agregan varias cuentas de correo electrónico, se mostrarán las estructuras, como carpetas, etiquetas, etc en separado, pero tiene una bandeja de entrada juntos, lo que no me gusta.
Creo que Apple no debería hacer algo tan estúpido (aunque a veces lo han hecho...), pero de todas formas he comprobado todo en las preferencias pero no encuentro ninguna pista.
Finalmente, encontré la forma en que lo hacen....
Cuando añades varias cuentas, sigues teniendo la bandeja de entrada, la bandeja de enviados y la bandeja de correo no deseado separadas para cada cuenta.
Simplemente están agrupados...busca la flechita a la izquierda de Bandeja de Entrada, Borradores, Enviados, Basura, Papelera y Archivo, después de expandirlos, encontrarás tu cuenta. Y puedes navegar por ellos por separado.
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Lo siento pero no creo que Mail.app sea el programa para ti. No conozco de memoria ningún programa de correo electrónico que haga esto (bien). Si tuviera que adivinar sin embargo Thunderbird de Mozilla.
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@AndrewU. la razón por la que estoy tratando de utilizar el nativo mail.app es que he comprado el Macbook Air 13 pulgadas para la vida de la batería y estoy pensando en el software secundario más adicional (leer outlook) que utilizo más probable es que la vida de la batería se verá afectada. En este momento con un poco de ajuste estoy recibiendo 11-13 horas de esta cosa que es increíble. Si no tuviera Dropbox esa cifra habría sido de alrededor de 15 a 16 horas. Hasta ahora la aplicación que peor funciona consume alrededor del 50% de la energía. Creo que outlook tendrá un impacto significativo.