Después de algunos experimentos, finalmente encontré una especie de solución.
Antes de llegar a ello, unas palabras sobre las preferencias de la Utilidad de Archivos. Por lo que sé, las preferencias de la mitad inferior de la ventana ya no tienen ningún efecto sobre el proceso de creación de archivos del Finder. Es posible que lo haya hecho en el pasado, pero el Finder ya no utiliza la Utilidad de Archivos para la creación de archivos, sólo para la expansión. Para que conste, la Utilidad de Archivos se encuentra en /System/Library/CoreServices/Applications/Archive Utility.app
.
El problema surge del deseo del Finder de revelar el archivo que acaba de crear. Si estás en la vista de columna y estás viendo el contenido de una carpeta, y quieres comprimir esa carpeta y lo haces como en la imagen de abajo, el Finder puede abrir una nueva ventana para revelar el archivo porque no quiere perder tu selección de carpetas en la ventana actual.:
Si en lugar de eso, en la vista de columnas, seleccionas un archivo (debe ser un archivo) en la misma columna que la carpeta, y luego haces clic con el botón derecho del ratón en la carpeta que quieres comprimir, como en la imagen de abajo, el Finder no abrirá una nueva ventana (cambiará tu selección actual de archivos por el archivo recién creado).
Hasta ahora, eso es lo más cerca que he estado de cualquier tipo de "solución".