El problema parece ocurrir después de actualizar a MacOS Sierra.
Después de la actualización, la posición de los iconos de la bandeja ha cambiado (respecto a la que tenían antes de la actualización). Volver a arrastrarlos funciona, pero se restablecen a esta determinada posición si se reinicia el sistema. Esto no parecía ocurrir antes de actualizar a Sierra. (O eso o los iconos se colocan de alguna manera siempre en la posición que quería cada vez que instalo nuevas aplicaciones, lo cual es poco probable)
¿Hay alguna forma de hacer que las posiciones de los iconos de la bandeja persistan al reiniciar?
Tengo Camarero 2 instalado, pero no creo que sea la causa del problema.
