Duplico un archivo en photos app mac y hace referencia al mismo archivo

Duplicarlo simplemente duplica el puntero dentro de la biblioteca, no duplica realmente el archivo subyacente. Esto ocurre tanto si tiene una biblioteca referenciada como si no. Puede comprobarlo utilizando las herramientas de edición para realizar un cambio -como recortar- y luego duplicar la imagen. La imagen duplicada tiene un botón "Revertir al original" en el modo de edición que le devuelve al aspecto de la imagen antes del cambio, aunque esta imagen "duplicada" ni siquiera existía en ese momento.

Basándonos en esto, parece que la función de duplicado está pensada para permitirle mantener múltiples versiones de una imagen al mismo tiempo, pero permitiéndole hacerlo de forma no destructiva.

Si quieres duplicar físicamente el archivo, tienes que hacerlo en Finder y luego importar ese archivo a Fotos.

@Tetsujin tiene razón en lo que respecta al enlace duro.

Creo que el truco es arrastrar una copia al escritorio, de lo contrario hará un enlace duro en lugar de una copia.