¿Por qué los elementos del menú parpadean dos veces cuando se seleccionan?

Es simplemente una señal visual de que ha seleccionado ese elemento del menú.

Se describe en las "Directrices de la interfaz humana de OS X" de Apple en el apartado Comportamiento de los menús (página 134):

Cuando el usuario elige un elemento del menú, parpadea brevemente para confirmar la la elección del usuario y luego realiza la acción.

(Tenga en cuenta que este documento ha sido retirado y ya no está disponible para su descarga, pero hay una copia disponible en https://issuu.com/hyungjoonjun/docs/osxhiguidelines )

OS X proporciona otras señales visuales: cuando se pulsa un atajo de teclado, por ejemplo + C el menú de la barra de menús donde aparece ese atajo de teclado, en nuestro ejemplo Edit :

se resalta durante una fracción de segundo.

La cantidad de veces que el elemento del menú parpadea o se resalta solía ser seleccionable en las versiones más antiguas del MacOS. No he encontrado la forma de cambiarlo en OS X o posteriores.