¿Está Automator pensado para crear aplicaciones independientes distribuibles?

No está realmente diseñado para esto, pero creo que se puede hackear para hacer lo que te gustaría.

En primer lugar, para obtener la ruta relativa al paquete .app, deberás añadir un Ejecutar AppleScript acción antes de su shell script. El código para el AppleScript debe ser algo así:

on run {input, parameters}
   set p to POSIX path of (path to me)
   return {p}
end run

Esto pasará la ruta de tu paquete de aplicaciones a tu acción de shell script como argumento. Sólo tiene que establecer el Ejecutar Shell script para pasar la entrada como argumentos y deberías estar preparado para usar la ruta en tu shell script como sea necesario:

Una vez hecho esto, puedes empaquetar los ejecutables que necesites en el Contenidos/Recursos del paquete de aplicaciones. Puede acceder a ella en el Finder haciendo clic con el botón derecho/mando en la aplicación y seleccionando Mostrar el contenido del paquete .

Nota importante: Automator reescribe el paquete .app cada vez que lo guardas, por lo que tendrás que añadir los ejecutables de nuevo cada vez después de que se haga un cambio.