Aquí hay algo para probar...
Si tu Mac Pro tiene problemas para arrancar desde un USB pero lo hace desde un DVD, crea un DVD desde el instalador USB. Si sabes cómo hacerlo, ignora el resto, coge un DVD de doble capa y ponte manos a la obra. Si no, sigue leyendo...
Primero, monte su instalador USB y luego vaya a la Utilidad de Discos. Resalte la partición Instalar OS X Yosemite en el panel superior izquierdo y luego ir a Archivo > Nuevo > Imagen de disco de "Instalar OS X Yosemite" . Seleccione Master DVD/CD como formato de imagen y, a continuación, pulse el botón Guardar cuando esté listo.
Después de unos momentos tendrá una imagen de disco con la extensión .cdr . Debería aparecer en la lista de la Utilidad de Discos en el panel inferior izquierdo: resáltelo y seleccione Quemar . Necesitará un DVD de doble capa para la operación de grabación.
Si puede arrancar desde los discos de instalación originales de Apple que debe podrá arrancar desde el DVD recién creado, y es de esperar que aparezca como opción de arranque. Ten en cuenta que arrancar desde el DVD de Yosemite te llevará una pequeña eternidad, la instalación en sí tardará bastante más. Aun así, es mejor llegar despacio que no llegar ;-)
Alternativamente, si tienes un disco duro de repuesto, puedes clonar la partición del instalador de Yosemite en el USB usando la función de restauración de la Utilidad de Discos. Esto, en teoría, debería ser mucho más rápido, pero aún no lo he probado. I tienen ha conseguido arrancar e instalar desde un DVD en un MacBook (la escuela está fuera por Semana Santa, así que no hay acceso a un Mac Pro por el momento), así que al menos sabemos que es posible crear un instalador de DVD que funcione.
Pequeña adición - cuando se instala desde un DVD las barras de progreso le harán creer que es en realidad va a tardar una eternidad, si no un poco más. Sin embargo, estos tienden a atascarse en ciertos puntos mientras el sistema está ocupado y todo el proceso debería realizarse en poco más de una hora.