¿Seleccionaste el teclado en el menú de la parte superior? (Edición: no se muestra si sólo hay un teclado).
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Si ha instalado teclado o controladores HID Intenta eliminarlos.
También puedes probar a borrar ~/Library/Preferences/ByHost/.GlobalPreferences.*.plist
.
Otra forma de cambiar las teclas modificadoras es utilizar KeyRemap4MacBook :
<?xml version="1.0"?>
<root>
<!-- <devicevendordef>
<vendorname>KINESIS</vendorname>
<vendorid>0x05f3</vendorid>
</devicevendordef>
<deviceproductdef>
<productname>ADVANTAGE</productname>
<productid>0x0007</productid>
</deviceproductdef> -->
<item>
<name>swap_command_and_control</name>
<identifier>swap_command_and_control</identifier>
<!-- <device_only>DeviceVendor::KINESIS, DeviceProduct::ADVANTAGE</device_only> -->
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::COMMAND_L, KeyCode::CONTROL_L</autogen>
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::COMMAND_R, KeyCode::CONTROL_L</autogen>
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::CONTROL_L, KeyCode::COMMAND_L</autogen>
</item>
</root>