La solución más fácil para ti sería probablemente grabar los subtítulos (por ejemplo, renderizar el subtítulo en el vídeo). Esto se puede hacer con multitud de aplicaciones como Handbrake, FFmpeg, FCP X, etc.
Aunque generalmente es posible mostrar subtítulos de películas incrustados (por ejemplo, pistas de subtítulos en el archivo de la película) en Keynote, esto no se puede utilizar para las presentaciones. Mientras que los subtítulos se muestran en la vista de edición, están ocultos en la vista de presentación.
De todos modos, para mostrar las pistas de subtítulos incrustadas en la vista de edición:
Abre cualquier película con subtítulos en QT Player (por ejemplo, tu película añadida a Keynote), activa la pista de subtítulos deseada en QT Player.
La configuración de subtítulos del reproductor QT se traslada a Keynote (por alguna razón que sólo Apple conoce).
Mojave 10.14.4, Keynote 9.0.1
EDITAR:
Fijo ¡en Keynote 9.0.2!
Actualiza las notas de Keynote en el Mac App Store:
Esta actualización soluciona un problema que provocaba que los subtítulos de los vídeos no se reprodujeran durante una presentación de diapositivas.
Probado, funciona, los subs se muestran en la presentación de diapositivas ahora.
La misma técnica que antes (habilitar la pista de subs en el reproductor QT).
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Bump: arreglado en Keynote 9.0.2 (ver edición en la respuesta).