Desde Mountain Lion, OS X también está almacenando en caché las preferencias, lo que personalmente creo que es una mala idea :) Es como "¡Oh, hemos hecho que la carpeta de la Biblioteca sea visible de nuevo desde Lion, vamos a hacer otro obstáculo contra los usuarios demasiado inteligentes que borran archivos y configuran por su cuenta para que no tengamos que soportar sus problemas y para protegernos!" :)
Volviendo al tema. :)
En su camino para eliminar las preferencias de la aplicación del lado oscuro, ¿probó:
defaults delete -app <YOURAPPNAME>
en Terminal.app? Por ejemplo, para borrar incluso las preferencias en caché de Apple Mail, se invocaría
defaults delete -app Mail
Esto restablece todas las preferencias de Apple Mail y pone los valores por defecto en el archivo prefs.
Si lo hiciste, entonces intenta cargar los prefs por defecto que creaste:
defaults read -app <YOURAPPNAME>
ANTES que, usted podría hacer la visualización del archivo prefs para la depuración de que todo está bien:
defaults read -app <YOURAPPNAME>
Si ves alguna basura binaria, puedes estar seguro de que el problema está ahí...