'Macintosh HD' ya no es arrancable después de instalar Yosemite en un segundo disco

Abre Terminal.app, en /Applications/Utilities, e ingresa lo siguiente:

diskutil list

Debería mostrar ambos de tus discos y darte información sobre las particiones. También puedes probar:

diskutil cs list

En Yosemite, algunos de los volúmenes se están configurando por defecto en Core Storage, que puede abarcar varios discos. No estoy diciendo que hayas hecho esto, de hecho, dudo bastante, o al menos espero que no hayas convertido inadvertidamente ambos discos en un único volumen enorme que en realidad son dos discos.

Yo uso Scannerz y viene con otra herramienta de gestión de discos llamada Phoenix. En las notas de la versión para Yosemite mencionaron que algunos sistemas anteriores a Mavericks pueden no ser capaces de ver o manipular correctamente archivos en un volumen de Yosemite, pero se supone que un volumen de Yosemite debería poder ver y manipular. En otras palabras, si inicias desde, por ejemplo, Mountain Lion, es posible que no puedas hacer lo que quieres en un volumen de Yosemite. Sé que esto es cierto para cosas en los directorios del sistema de bajo nivel, pero no estoy seguro si afecta a los volúmenes de usuario. Tal vez pongan algo al respecto en su sitio web, pero a lo mejor no. No estoy convencido de que esto no sea algún tipo de error de Yosemite.

Si parece que tu volumen está intacto usando diskutil, quizás quieras reiniciar el sistema, y de inmediato mantén presionada la tecla alt. Debería aparecer una lista de volúmenes de arranque y con suerte podrás seleccionarlo y arrancar desde él. Sin embargo, ten cuidado al intentar copiar algunas cosas al volumen de Yosemite porque como mencioné en el párrafo anterior, puede que no funcione.

En un intento de resolver el problema, intentaría instalar rEFIt, que es útil para inspeccionar y modificar la configuración de arranque regular.

Lo he usado para realizar instalaciones duales de OSX/Linux en el pasado.

Puedes acceder a las carpetas de respaldo desde un sistema en funcionamiento (al menos en Mavericks) de la siguiente manera. Para este ejemplo, voy a usar el nombre "Backups" para representar tu volumen de Time Machine. Aquí están los pasos:

1. Desde Finder, haz clic en el elemento del menú "Ir".
2. En la lista desplegable, selecciona la opción "Ir a la carpeta...".
3. Ingresa el nombre del respaldo, así que para este ejemplo es:

/Volúmenes/Backups

4. Debería abrirse una ventana de Finder con el nombre "Backups.backupdb". Haz doble clic en ella.
5. Deberías ver una carpeta con el nombre de tu sistema, haz doble clic en ella.
6. Debería mostrarse una lista de todos tus respaldos. Supongo que querrías el que se llama "Latest" pero cualquiera que desees, haz doble clic en él.
7. Deberías ver una carpeta con el nombre de la unidad de tu sistema antiguo. Haz doble clic en ella.
8. En este punto, lo puedes navegar como si fuera una unidad regular.

Cuando encuentres lo que buscas, puedes arrastrarlo a donde quieras, pero tendrás que ingresar un ID y contraseña de administrador.

Una advertencia: Apple comenzó a ocultar el directorio "Library" de las personas en sus carpetas de inicio. Es posible que tengas que ingresar todo ese nombre de ruta desde la base del respaldo. Por otro lado, es posible que puedas sacar todo eso copiando toda tu carpeta de usuarios.

Espero que esto ayude.