Cómo reiniciar un proceso sin la interacción del usuario

Si terminas el proceso java con kill -9 La shell que ha llamado recibe un código de error. En tu caso, la ejecución de java es el único comando en el script ejecutado por Automator, por lo que el código de error es interpretado por Automator como un error general que desencadena la ventana emergente.

Si añade cualquier otro comando después de la llamada a java (bueno, cualquiera que termine con éxito), la acción Ejecutar Shell script se completará con éxito y Automator ni siquiera se dará cuenta de que el proceso de java se terminó. Este comando puede ser algo simple como : (que en esta forma básicamente no hace nada) o sleep 0 (que suele salir con éxito).