X.Org vs. XQuartz - MacPorts

En general, estás confundiendo varias cosas.

XQuartz es un conjunto de bibliotecas que permiten compilar y ejecutar aplicaciones X11 en OSX. Se basa en las fuentes de X11 de X.org los cambios fueron realizados originalmente por Apple.

Quartz es el conjunto de tecnologías que se encuentran en el Core Graphics de OSX y que se ocupan del 2d de wikipedia

El cuarzo suele ser sinónimo de gráficos básicos

Así, Quartz se llama así porque proporciona las bibliotecas X11 que funcionan llamando a las APIs proporcionadas por Quartz

En el macports variants.conf lo que está diciendo es que no se use X11 (es decir, XQuartz) sino que se usen los gráficos de Apple directamente y no a través de X11 para no llamar a ningún código de X.org

Si quieres mantener independiente tus futuras actualizaciones de XQuartz y MacPorts Entonces tendrá que mantener ambos instalaciones.

XQuartz está instalando bibliotecas, binarios en /opt/X11 .

MacPorts es instalar fuentes, configuraciones, dependencias, bibliotecas, binarios en /usr/local o donde preferentemente hayas decidido configurarlo. En mi caso, para evitar cualquier riesgo de confusión con otros gestores de paquetes, configuré MacPorts para trabajar en la base del rootdir /opt/local .

Si elimina una biblioteca necesaria dentro de la ruta de instalación de MacPorts tendrá que reconstruirlo. Por otro lado, nunca se actualizará nada cuando se modifique el XQuartz porque está fuera de su árbol de fuentes e instalación gestionado.

Esta práctica forma de gestión se mantiene sin problemas desde Snow Leopard hasta Sierra.