Puedes iniciar dos grabaciones separadas, especialmente si tienes una pantalla externa como yo.
En Quicktime, primero se inicia una grabación de vídeo normal utilizando la cámara web (en mi caso la cámara incorporada), se mueve la ventana a la pantalla secundaria, y luego se inicia una grabación de pantalla en la pantalla principal, sin mostrar la ventana de vídeo de la cámara web.
De este modo, obtienes dos grabaciones separadas y puedes editarlas juntas después, ampliando o minimizando el vídeo de la webcam según sea necesario.
No estoy seguro de que ambos vídeos graben el sonido desde el mismo micrófono. No he hecho la prueba. En mi caso, la cámara web grabó el micrófono interno, y el vídeo de la pantalla grabó el micrófono conectado a una tarjeta de sonido USB HQ.