Debería ser posible. Automator tiene un Establecer la aplicación para los archivos acción que dice:
Esta acción selecciona la aplicación utilizada para abrir los archivos especificados. Si se elige una aplicación, ésta anula la aplicación por defecto utilizada para el tipo de archivo.
A Carpeta Acción El tipo de flujo de trabajo del automatizador podría configurarse para detectar cuando se añaden nuevos archivos a, en su ejemplo, la carpeta del Escritorio, que luego tendría que filtrarse a un tipo de archivo específico utilizando Filtrar elementos del buscador y luego establecer la aplicación para esos archivos.
Como alternativa, una aplicación de pago como Hazel podría hacer el trabajo de detectar qué carpetas y archivos desea cambiar, y hacer que ejecute un flujo de trabajo más simple que sólo tendría que establecer una aplicación deseada en cualquier archivo que se le dé.
El problema, tal y como yo lo veo, sería qué pasa cuando mueves esos archivos fuera de esa carpeta (en tu ejemplo, fuera del escritorio). Seguirían teniendo su aplicación no predeterminada. Con los métodos anteriores, una solución sería tener una carpeta separada para la "limpieza" que actúe de la misma manera, sólo que estableciendo la aplicación de nuevo a su defecto elegido.
Creo que puede ser posible hacer la vigilancia de los archivos añadidos a y eliminado de una carpeta mediante el Applescript Acciones de la carpeta que también se puede añadir a una carpeta determinada, pero no es algo con lo que haya experimentado.