No puedes verlo cuando navegas por iCloud Drive en el Finder, una forma fácil de acceder a él:
Abre cualquier PDF; cuando se abre en Vista Previa, haz clic con el botón derecho en la barra de título y selecciona "iBooks (iCloud)". Cuando se abra la ventana del buscador de iBooks, arrastra el ícono de la carpeta de iBooks en la barra de título a tu barra lateral. Ahora tienes acceso rápido a tus iBooks. Ahora puedes arrastrar y soltar libros en esa carpeta y estarán allí cuando abras la aplicación de iBooks.
En Mojave parece que ya no es posible arrastrar el ícono de la carpeta de Libros (anteriormente iBooks) a la barra lateral. Sin embargo, con la carpeta abierta/en primer plano (y sin nada dentro de la carpeta seleccionado), seleccionar Archivo > Agregar a la barra lateral hace el truco.
O puedes crear un enlace simbólico en la carpeta principal ejecutando
ln -s ~/Library/Mobile\ Documents/iCloud\~com\~apple\~iBooks/Documents/ ~/iBooks