Si estás insinuando que el chico del servicio técnico robó o robará las piezas de tu iPhone, no lo harán. Porque los productos con los que lo sustituyen son realmente los auténticos, por lo que sus piezas no son más genuinas que las que puede comprar en eBay o Alibaba. El iPhone está hecho en China, y estas fábricas de China venden estos artículos ellos mismos en línea. Compré unos cuantos productos de China y los comparé con los artículos rotos y eran idénticos.
Apple obviamente te cobrará de más por el mismo producto y servicio, porque es Apple :P El tipo de la calle no puede cobrar tanto porque si no no tendrá clientes, necesita mantenerse en el mercado. Si tiene una tienda en un centro comercial, obviamente puede cobrar más. Pero los productos son los mismos, simplemente obtienen más beneficios.
Para responder a tu pregunta, la única manera de ver si algo ha sido sustituido es ver si la calidad es la misma. Comprueba si la cámara es igual de buena, la batería dura mucho, etc. ¿O abrir el teléfono y hacer fotos del antes y el después?
Si no te fías de nadie, simplemente compra la pantalla en eBay o Alibaba (o iFixit ) y arreglarlo usted mismo con esta guía sobre cómo sustituir la pantalla. En realidad es muy sencillo :)