Nunca he experimentado esto en Safari, y espero que haya algún tipo de atajo conflictivo. O eso, o "con bastante frecuencia" el foco del ratón está en Flash o Java, y los accesos directos no se están enviando al navegador (lo que no parece terriblemente probable dada la frecuencia).
Debido a que he cambiado a Safari después de varios años seguidos usando Chrome y Firefox, he configurado los comandos de Pestaña Anterior/Siguiente para + + / , utilizando las Preferencias del Sistema. De nuevo, nunca he tenido problemas con el cambio, así que sugeriría (si estás dispuesto, y no puedes encontrar el origen del problema) establecerlo en otro acceso directo que puedas recordar.