Me había olvidado de lo genial que es Clonador de copias de carbono ¡es! Hace tiempo que no lo utilizo (la última vez que lo usé era gratuito; ofrecen una versión de prueba totalmente funcional durante 30 días).
Volví a intentar todos los intentos que enumeré en mi pregunta, incluyendo la transferencia de un solo perfil de usuario (datos, aplicaciones, etc.) utilizando el Asistente de Migración sin ningún cambio. Cada vez que terminaba una migración, clonaba, casi el 50% de mis aplicaciones eran vistas como aplicaciones PowerPC y no se ejecutaban... aunque en realidad eran aplicaciones Intel/Universal.
Creo que el problema de fondo era que la partición de recuperación de las dos máquinas era diferente. Me sorprende que Clonezilla no la borrara (clonó las 3 particiones). Carbon Copy Cloner, por otro lado, me informó de la diferencia y se ofreció a clonar sobre la diferencia. Esa diferencia era sólo el hecho de que la máquina de destino tenía un sistema operativo Lion en la partición de recuperación. Ambas máquinas fueron creadas con Mountain Lion.
Es sólo una suposición, pero como nada más ha funcionado y CCC sí, lo voy a dejar así a no ser que alguien más pueda aportar alguna idea. Espero que esto ayude a alguien en el futuro. Nunca he visto ni oído nada parecido.
