Desde la Terminal, o en un archivo shell, sé cómo abrir varios archivos en una aplicación particular en la edición de texto desde la línea de comandos y tener todas sus ventanas minimizadas así:
open -a TextEdit.app ~/Documents/doc1.txt ~/Documents/doc2.txt ~/Documents/doc3.txt
osascript -e 'tell application "TextEdit" to set miniaturized of every window to true'
¿Existe un comando para minimizar no todo el Windows sino sólo uno de ellos en particular o, de forma equivalente, iterar sobre las ventanas minimizadas para restaurar una por nombre como ~/Documents/doc1.txt
?