Encontré una buena y barata alternativa a OmniFocus en ToodleDo . Está basado en un navegador (no hay mucha más "nube" que eso), pero también tienen una aplicación iOS para uso fuera de línea. La he estado usando desde hace unos años y he tenido pocas quejas incluso a sus precios (gratis para una fracción de OmniFocus).
Como una nota al margen, OmniFocus soporta la sincronización basada en la nube. Desde la página del producto:
Sinc.
No puedes lograr tus objetivos si no los tengas contigo. OmniFocus sincroniza su base de datos de tareas con una servidor o disco, para que todos sus Macs, tu iPhone y tu iPod Touch están al día. Sincronice sobre su local usando Bonjour, a través de la nube usando MobileMe o cualquier estándar servidor WebDAV, o incluso con algo tan simple como una unidad USB.
Creo que es un desarrollo reciente desde sus aplicaciones iOS. Los productos de OmniGroup no son baratos, pero definitivamente valen la pena el gasto.