Puedes quitarlo, pero mi experiencia me dice que con el tiempo volverás a quererlo, e incluso como desarrollador de apple puedes perder el acceso a él en el futuro cuando actualicen xCode.
No es un gran problema si no planeas mantener tus aplicaciones más antiguas, ya que siempre las mantendrás actualizadas y las moverás a las nuevas versiones de xCode a medida que vayan saliendo, pero la transición de xCode 3 a 4 fue dura para muchos desarrolladores, e incluso ahora parte del software se desarrolla en xCode 3 para soportar el desarrollo del kernel drive para OS X 10.4, que ya no está totalmente soportado en xCode 4.
Por lo general, la mejor opción es almacenar la aplicación de instalación en algún lugar donde pueda acceder a ella más tarde. No es necesario que esté en tu mac todo el tiempo, pero puede que la necesites más adelante si desarrollas algo en ella que tengas que actualizar más tarde.