¿Cómo es posible que no tenga instaladas las Herramientas de línea de comandos, y aún así las tenga?

Exactamente lo que dijo Marc Wilson. No tenía ni Xcode ni el paquete com.apple.pkg.CLTools_Executables:

$ pkgutil --pkg-info com.apple.pkg.CLTools_Executables
No se encontró el recibo de 'com.apple.pkg.CLTools_Executables' en '/'.
$ pkgutil --pkg-info com.apple.pkg.CLTools_Base
No se encontró el recibo de 'com.apple.pkg.CLTools_Base' en '/'.
$ ls /Applications/Xcode.app
ls: /Applications/Xcode.app: No such file or directory
$ 

Sin embargo:

$ clang --version
Versión de Apple clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.28)
Objetivo: x86_64-apple-darwin19.6.0
Modelo de subprocesos: posix
Directorio instalado: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin
$ git --version
Versión de git 2.24.3 (Apple Git-128)
$ 

Confusamente, Homebrew funcionaba sin problemas y estaba reportando una versión para las Herramientas de Línea de Comandos (CLT) cuando ejecuté brew config, lo que significa que cree que las CLT están instaladas.

Investigando en el código de Homebrew, entendí que este método detecta la versión de CLT:

def detect_version
  version = nil
  [EXECUTABLE_PKG_ID, MAVERICKS_NEW_PKG_ID].each do |id|
    next unless File.exist?("#{PKG_PATH}/usr/bin/clang")

    version = MacOS.pkgutil_info(id)[/version: (.+)$/, 1]
    return version if version
  end

  detect_version_from_clang_version
end

donde:

• EXECUTABLE_PKG_ID está configurado como com.apple.pkg.CLTools_Executables
• MAVERICKS_NEW_PKG_ID está configurado como com.apple.pkg.CLTools_Base

en el mismo archivo. Es decir, estaba verificando la presencia de estos paquetes y, si ninguno se encuentra, ejecutaba el método detect_version_from_clang_version para detectar la versión de CLT.

Utilicé la interfaz de GitHub para git blame en ese archivo y entendí que la línea detect_version_from_clang_version se agregó en este commit, reemplazando la línea detect_clang_version.

Para entender cuándo, a su vez, se agregó la línea detect_clang_version, comencé a revisar el historial de commits del archivo comenzando desde ese commit. Mientras revisaba el historial de commits, noté este mensaje de commit:

os/mac/xcode: fallback to clang version for detecting CLT.

Por alguna razón, pkgutil --pkgs ya no lista el CLT después de la actualización complementaria de Catalina.

Corrige #6610

Abrí ese commit y entendí que efectivamente es el commit que introdujo la línea detect_clang_version al método detect_version.

Por lo tanto, probablemente algunas actualizaciones de software están causando que algunos recibos de paquetes sean eliminados, aunque el paquete siga estando presente.