Una de las razones para encontrar algunas de las fotos borradas podría ser debido a la naturaleza de la memoria flash del iPhone en la que se guardan los datos - la eliminación o sobrescritura de datos es un proceso lento en dicha memoria. Así que los datos en una memoria flash se mueven constantemente para optimizarla, y cuando se elimina cualquier archivo en ella, puede que no se elimine inmediatamente, sino que se mueva y se marque para su eliminación más tarde. (Más información aquí - Borrado permanente en el SSD ).
Por lo tanto, mientras que ios y la aplicación Fotos pueden no mostrarte el archivo en tu iPhone o iPad después de que lo "elimines" en Fotos, puede seguir estando en la memoria hasta que se elimine realmente. Esa podría ser una de las razones por las que eres capaz de verlos cuando montas la unidad del iPhone en Linux. (Estoy especulando aquí porque no sé cómo estás montando tu iPhone en Linux y accediendo a sus datos).
Los duplicados podrían deberse a las ediciones que hiciste a las fotos o a las fotos que tomaste en modo ráfaga o en modo HDR.