Desgraciadamente, parece que se trata de una función (bastante mal implementada). Puedes probarlo haciendo clic con el botón derecho del ratón sobre el resalte y cambiando el color; verás que el color de la nota también cambia. En mi opinión, está mal implementada porque oculta el texto debajo del icono de la nota.
Te recomendaría que añadieras notas y destacados por separado con diferentes colores para diferenciarlos.
Como alternativa, puede utilizar una aplicación de terceros que muestre mucho mejor las notas asociadas a los puntos destacados, como por ejemplo Experto en PDF :
Sin embargo, para añadir o guardar las notas (en lugar de limitarse a verlas), tendrás que comprar la versión completa por la friolera de 80 dólares.