El formato de los datos de Apple Notes no está documentado y puede cambiar con las actualizaciones de MacOS. No es seguro confiar en la copia de un único archivo en otro lugar, especialmente cuando este contiene los datos de iCloud de Apple Notes.
Si quieres seguir usando las Notas de Apple no hay muchas más opciones que confiar en iCloud y Time Machine de Apple para almacenar y respaldar correctamente tus notas.
Pero si quieres tener el control de los datos de tus notas te sugiero que utilices otra aplicación. Esto es lo que yo he hecho porque quería tomar el control de mis notas.
He exportado todas mis notas fuera de Apple Notes a archivos markdown usando Exporter (también la recomendación de jmh) y ahora uso Typora para editar mis notas sabiendo que cada nota es ahora un único archivo de texto y, en algunos casos, imágenes.
Para poder acceder a mis notas en mi otro Mac, almaceno todas las notas en formato markdown en mi iCloud Drive. Pero no confío del todo en iCloud, también copio todas las notas en una carpeta local para poder controlar las copias de seguridad.