Además de la respuesta de nohillside, puedes utilizar Spotlight para buscar los archivos dentro de la carpeta principal.
Así, por ejemplo, si tienes cientos de archivos de texto repartidos por carpetas dentro de una única carpeta principal, puedes utilizar la función de búsqueda del Finder para buscar archivos de texto de cualquier nombre. Sólo tienes que escribir en el cuadro de búsqueda "texto" -o cualquier otro formato, como "docx", o nombre de la aplicación, como "word"- y aparecerá una lista desplegable. Elige el formato que desees y Finder buscará en el directorio actual cualquier archivo correspondiente a ese formato.
Luego, con los archivos organizados en la ventana de búsqueda, puedes seleccionarlos todos y moverlos a otra carpeta de tu elección.
Este método, aunque es un poco tedioso, también se puede utilizar para archivos de diferentes formatos, siempre que se utilice el Finder para buscar cada formato (como .txt o .docx), se seleccionen y muevan todos los resultados, y luego se vuelvan a buscar los formatos de archivo restantes dentro de la carpeta principal.
Espero que esto ayude.
EDIT: No sé cómo afectaría esto a los archivos que tienen el mismo nombre, así que podría ser una buena idea probar en algunos archivos antes de proceder.