En cuanto a tu primera pregunta, es difícil decir exactamente "por qué" es lento. Hay múltiples factores implicados: obviamente, leer y escribir 6 TB de datos de un disco duro externo va a llevar algo de tiempo. Si decimos que tu disco hace 100 MB/s (lo que podría ser muy optimista para algunos discos si estamos viendo transferencias pequeñas), entonces sólo eso lleva aproximadamente 18 horas.
A esto hay que añadir el tiempo necesario para cifrar y validar los datos, así como los gastos generales. Dudo que el proceso esté optimizado para tardar el menor tiempo posible - más bien está optimizado para afectar lo menos posible al resto del sistema, de modo que puedas seguir trabajando en tu ordenador mientras se ejecuta.
En cuanto a su segunda pregunta: No, no se escriben primero los archivos sin cifrar y luego se cifran. Los archivos se escriben en el disco de forma cifrada. Sin embargo, debes tener en cuenta que cuando encriptas la unidad, no sólo estás encriptando los archivos que le transfieres en ese momento, sino todos los bloques de la unidad (utilizados o no para tus datos).