Un par de cosas...
- No se puede encriptar retroactivamente una copia de seguridad de Time Machine, especialmente sin la fuente disponible
- Time Machine no está diseñado para ser un sistema de archivo
Time Machine es una herramienta de copia de seguridad, lo que significa que examina el sistema de archivos de un ordenador y hace copias de los archivos basándose en ciertos criterios. En este caso, sólo copia los archivos que han cambiado desde la última copia de seguridad. Además, hará una copia de seguridad de los archivos de configuración del sistema específicos de su sistema. Sin la fuente, Time Machine simplemente no puede funcionar
En cuanto al archivado, se guardan los datos, no la configuración del ordenador. El plist de tu programa (digamos Microsoft Word, por ejemplo) es inútil en el futuro. Incluso el software del que se hace una copia de seguridad será específico del sistema y del sistema operativo. Hay aplicaciones que funcionaban bien hace una o dos versiones de MacOS, pero ahora con Catalina, no funcionan. Sin el sistema correcto (hardware y y SO) estas configuraciones no pueden servir de nada.
En adelante, lo que puedes hacer para archivar cosas en un volumen cifrado es recorrer manualmente las carpetas de la copia de seguridad de Time Machine y copiarlas. La estructura de carpetas es la misma que la de tu disco (es decir, /Users/user/Documents), lo único es que tendrás varias copias para cada fecha en que Time Machine se ejecutó. Será un proceso largo, pero logrará lo que quieres hacer.
Yendo aún más lejos, vale la pena pensar en cómo estructurar sus archivos para la copia de seguridad y el archivo ahora. Esto facilitará el almacenamiento de sus archivos para fines de archivo sin tener que negociar las complejidades de Time Machine.