Una imagen vale más que mil palabras.
Tengo un acceso directo (no estoy seguro de cuál es la palabra oficial para esto) a mi carpeta de Aplicaciones en mi Dock.
Al abrirlo, veo varias copias del icono "Xcode.app".
Si "abro en el finder", sólo veo uno. Si abro el launchpad también veo sólo uno.
No te preocupes por la carpeta llamada "Xcode 5", la añadí ayer mismo, mientras que este fallo de los iconos múltiples lleva ahí más de un mes....
Corriendo OSX 10.10.1
ACTUALIZACIÓN: El nombre oficial de estos accesos directos es "Stacks" ( http://support.apple.com/en-il/HT201955 )