Se muestra un punto rojo en el icono de actualización del software pero ya se ha actualizado

defaults delete com.apple.systempreferences AttentionPrefBundleIDs; killall Dock

Esto puede deshacerse de él, pero volverá.

Prueba a correr softwareupdate -ia en el terminal para forzarlo a que se dé cuenta de que los tiene todos / instale los que pueda haber omitido.

Solución permanente (cerrar primero la ventana de "ajustes"):

A través de la terminal:

rm ~/Library/Preferences/com.apple.preferences.softwareupdate.plist
defaults delete com.apple.systempreferences AttentionPrefBundleIDs
defaults delete com.apple.systempreferences DidShowPrefBundleIDs
killall Dock

No puedo atribuirme el mérito pero vi la solución desde el foro de Macrumors:

Simplemente borre el siguiente archivo
~/Library/Preferences/com.apple.preferences.softwareupdate.plist

Exactamente la misma situación. Esto resuelve mi problema después de actualizar a Catalina.

Referencia:
https://forums.macrumors.com/threads/software-updates-badge-wont-disappear-after-the-update-to-catalina-10-15-4.2228115/post-28312219