Parece que iTerm2 está programado para resaltar los resultados de la búsqueda utilizando un color de fondo amarillo. He probado tanto la última versión como los nightlies pero no he encontrado la forma de cambiar ese color.
¿Me he perdido algo? Me parece inverosímil que un emulador de terminal con tal grado de personalización realmente codifique un solo color mientras que al mismo tiempo hace que prácticamente todo lo demás sea configurable por el usuario.
Para aclararlo, aquí hay una captura de pantalla: 
Como puede ver, he buscado en el contenido de la pantalla la palabra "pila" y todas sus apariciones están resaltadas en amarillo (excepto la seleccionada).
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No sé exactamente a qué te refieres, ¿podrías añadir una captura de pantalla?
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Claro, acabo de editar mi post.