Parece que el problema al que te enfrentas es la conversión de Windows a Mac.
En MacOS la mayoría de las aplicaciones están disociadas del cierre de Windows, un ejemplo sería en el navegador web Safari. Si cierras todas las ventanas la aplicación sigue abierta porque solo has cerrado las ventanas, no has salido de la aplicación.
Esto es significativamente diferente de Windows, donde cerrar una ventana normalmente cierra la aplicación.
En algunas aplicaciones en MacOS cerrar la última ventana cerrará la aplicación pero no es un comportamiento estándar o por defecto.
No hay ninguna opción para que esto ocurra. Puede salir de la aplicación utilizando + Q (Comando + Q), el atajo que mencionaste que olvidaste es Comando + W.
Esencialmente Command + W no es lo mismo que Alt + F4 y no hay manera de hacer que MacOS se comporte de esta manera, ya que a diferencia de Windows no se puede hacer fácilmente que MacOS abra múltiples aplicaciones desde el mismo enlace, es decir, hacer clic en Chrome dos veces no abre dos ventanas de Chrome, abre Chrome y luego lo trae al frente en el segundo clic.
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Supongo que has cambiado recientemente de Windows a MacOS, aunque puedo ver el deseo de utilizar sus viejos accesos directos, yo sugeriría encarecidamente evitar tratar de hacer MacOS más como Windows, lo he hecho en 2004, cuando por primera vez un Mac y realmente no le ayuda en el largo plazo, ya que nunca realmente aprender a OS y ni el Mac, Linux o Windows manera de hacer las cosas son mejores en este sentido, son simplemente diferentes.