¿Podría la eliminación de archivos corruptos en el MacBook o en el disco duro del Mac empeorar la salud del sistema de archivos?

Respuesta corta: sí, casi cualquier cambio que hagas en el disco tiene la posibilidad de causar más daños. Haz una copia de seguridad de todo lo que sea importante (haciendo los mínimos cambios al hacerlo), entonces intentar diagnosticar y arreglar el problema.

Respuesta larga: hay varios niveles diferentes en los que puede haber corrupción/daño de datos:

1. Es posible que haya un problema de hardware: una unidad que falla, un cable en mal estado, etc. No estoy lo suficientemente familiarizado con los modos de fallo de los SSD como para decir si este podría ser el problema aquí, pero no lo descartaría.
2. Las estructuras de datos del sistema de archivos (que llevan la cuenta de qué archivos existen en el disco, dónde se almacenan sus datos, qué bloques están disponibles para su uso, etc.) podrían estar dañadas. Este tipo de daño se aplica más o menos a todo el volumen (o contenedor, en el caso de APFS), pero podría afectar sólo a algunos archivos/carpetas.
3. Algunos archivos individuales pueden tener contenidos dañados/corruptos. No creo que ese sea el problema aquí, ya que una copia del Finder simplemente copiará a ciegas los contenidos, tengan o no sentido.

Los problemas en cualquiera de estos niveles pueden causar problemas secundarios en niveles superiores. Los problemas de hardware pueden hacer que los datos del volumen y/o el contenido de los archivos se distorsionen, y los problemas de volumen pueden hacer que se sobrescriban o se pierdan partes de los archivos. Así que si ves problemas en un nivel, ten en cuenta que la causa principal puede estar en un nivel inferior.

Por el contrario, tratar de arreglar (o simplemente cambiar) las cosas a un nivel superior al de la causa root puede causar daños adicionales. Si tienes estructuras de datos de volumen dañadas, crear, borrar o incluso editar archivos puede hacer que el daño se convierta en una bola de nieve. Si tienes un problema de hardware, tratar de reparar las estructuras de datos del volumen (por ejemplo, con la función de Primeros Auxilios de la Utilidad de Discos) puede causar problemas secundarios adicionales a ese nivel.

En tu situación, lo primero que haría es asegurarme de que cualquier archivo/dato importante está respaldado (o tan seguro como sea posible dadas las circunstancias). Si es posible, hazlo mientras arrancas desde otra cosa, con el volumen sospechoso montado en modo de sólo lectura para evitar más corrupción. (Probablemente no sea posible, así que no te preocupes demasiado. Pero no hagas ningún cambio innecesario en el disco hasta que la copia de seguridad esté hecha).

Entonces y sólo entonces Intente realizar pruebas de hardware, como por ejemplo Prueba de hardware de Apple (para los modelos introducidos antes de junio de 2013) o Diagnóstico del hardware de Apple (para los modelos introducidos después de Junio de 2013) (más información aquí ), o una utilidad de prueba de terceros.

Si las pruebas de hardware no encuentran nada malo, entonces empieza a mirar las estructuras de datos del volumen. Todavía no tengo experiencia reparando APFS, pero yo probaría Primeros auxilios de la Utilidad de Discos primero (probablemente arrancado en modo de recuperación). Francamente, si eso no puede arreglarlo, yo borraría el disco ( no sólo el volumen) y reinstalar/recuperar desde cero.

Después, mantenga buenas copias de seguridad continuas en caso de que haya algún problema subyacente que no se haya detectado/arreglado.